각종 환경오염 및 기후변화로부터 농업환경 및 생태계를 보전하기 위한 연구를 한다.

토양과 농작물에 대한 유해물질조사 및 안전기준을 설정한다. 각종 유해물질에 대한 농작물 피해분석을 통한농작물 피해예방과 안전농작물 생산을 위한 연구를 한다. 농업과 관련된 폐기물 조사 및 농업적 이용성 평가와 폐기물에 의한 환경영향 평가방법을 개발하여 유용한 폐자원의 농업적 활용과 관리기술의 개발 및 농업환경오염방지를 위한 연구를 한다. 친환경농업기술을 개발하고 농가에 보급한다. 농업환경변동에 따른 농업환경평가에 대한 연구를 통하여 체계적인 친환경 농업관리를 개발한다. 농업환경변화에 따른 농업생태계의 영향평가, 농경지 미소동물의 생태와 가능평가 등을 통한 농업생태계의 안정화 및 지속성 확보를 위한 기술개발을 연구한다. 기후에 따른 농업자원 분포 및 변동조사, 농경지 온실가스 배출 저감기술 개발 등에 대한 연구를 한다. 농업기후평가 및 감시로 농작물 생산의 안전성 확보와 기상재해에 대한 대책을 수립한다.