좋은 종자를 판별하기 위하여 종자순도(種子純度:단일 품종의 종자에 이종의 종자가 섞이지 않고 순수한 정도)의 기준에 맞는지 검사 및 확인을 한다.

종자의 순도기준을 숙지하고 검사대상 종자를 선정한다. 좋은 종자를 선정하기 위하여 육종대상 종자의 선정,파종 및 생산의 일련과정을 확인한다. 원원종·원종·시판용 종자의 발아율을 조사한다. 종묘에 이물질이 포함되어 있는지에 대한 순결도를 조사한다. 검사대상 종자가 파종되어 성장하면 잎, 줄기, 열매 등을 육안으로검사한다. 생산된 종자의 단백질분석을 위하여 전기염동분석기를 이용하여 검사하고 종자의 순도가 기준에적합한지를 검사한다. 수분측정기를 사용하여 수분함량을 검사한다. 우량한 종묘를 생산 공급하기 위하여 균류를 파악하고 검사한다. 종자순도 검사사항을 정리하여 기록한다. 선정된 종자의 검사결과를 관련부서에 보고한다. 종묘원에서 우수한 종자를 선별하기 위하여 종묘의 상태와 발아율을 검사하기도 한다.