분자생물학적 방법에 의한 미생물의 새로운 분류체계를 수립하고 농업용 미생물자원과 유전자원의 체계적보존관리 및 정보 전산화를 위한 연구개발을 한다. 미생물로부터 유용한 유전자 분리 및 이용, 기능성물질탐색 등의 연구를 통하여 농업 및 산업용 기능성 물질을 개발한다. 미생물의 스트레스 내성관련 유전자 개발 및 미생물 유전자의 식물체내 발현에 대한 연구를 한다. 유전자 변형산물의 환경적응성에 대한 검증과 실용화를 통한 고부가가치가 있는 농업경영기술 개발을 위한 연구를 한다.