농업과 관련하여 지하수에 대한 현황을 조사하고, 지하수에 대한 기준 및 표준화를 통하여 지하수의 체계적인 보전과 관리를 위한 제반기술을 개발한다.

농·어촌 용수를 포함한 지하수의 조사에 관한 계획을 수립하고 관리한다. 한해(가뭄)대책의 수단으로서 지하수에 대한 연구를 한다. 농촌지역의 지하수 수맥을 조사하여 체계적인 관리를 통하여 가뭄에 대처한다. 지하수에 대한 기준 및 표준화를 수립하여 체계적인 조사와 관리를 위한 방안을 개발한다. 지하수개발을 위한 신기술 개발과 보급에 관한 업무를 수행한다. 지하수 사업에 관한 법규 및 제도의 개선을 위한 연구를 한다. 지하수 자원의 합리적인 보전과 관리에 대한 연구를 한다.