국내투자자의 외화증권 투자를 위해 외국에 보관기관을 지정하고 외화증권과 외화자금의 매매거래를 결제하며 취득한 외화증권의 보관 및 동 증권에서 파생되는 권리의 행사, 조세관련 업무 등을 처리하며, 외국인 보유의 국내증권을 예탁하는 업무를 수행한다.

증권회사 등 기관투자자가 증권예탁원에 외화증권계좌를 개설하면 동 계좌를 통해 집중 예탁된 일반투자자 또는 예탁자 자기보유분 외화증권을 관리한다. 일반투자자가 국내증권회사를 통하여 외국증권시장에서 매매거래한 외화증권 및 동 대금의 결제업무를 수행한다. 증권예탁원이 지정한 외국보관기관에 보관된 외화증권의 제반 권리행사업무(원리금, 수익금 및 배당금의 수령, 유무상 증자 등)를 처리한다. 외화증권에서 발생한 소득에 대한 소득발생국가 및 국내에서의 원천징수업무를 처리한다. 외국인 보유의 국내증권을 예탁하고 국내 외국인 투자자의 매매에 따른 결제 및 잔고처리, 권리행사 등의 정보를 제공한다.