기관투자자간에 장외거래되는 대량의 채권거래를 증권예탁원의 전산시스템과 한국은행의 전산시스템의 연계를 통하여 증권과 대금의 동시결제되는 방식으로 결제처리하는 업무를 수행한다.

채권거래 쌍방이 거래내역 및 결제방법을 전산시스템을 통하여 예탁원에 통보하면 매매내역의 일치여부를 확인하여 고유한 결제번호를 부여한다. 매도기관의 예탁계좌에 매도증권의 잔량이 충분하면 결제대상 처분을 제한한다. 매기기관의 이체와 동시에 예탁원 당좌계좌를 경유하여 매도기관 당좌계좌로 이체하여 줄 것을 한국은행에 의뢰한다. 매수기관은 한국은행 전산망을 통하여 결제대금 이체의뢰 내역을 조회한 후 예탁원 당좌계좌로 결제대금을 이체 신청하고 한국은행에서 결제대금을 이체처리하면, 동 이체결과를 통보 받음과 동시에 매도기관 예탁계좌에서 매수기관 예탁계좌로 증권을 계좌대체 처리한다.