반입금지 품목 및 밀수 단속을 위해 항공기를 통해 수출입되는 모든 물품 및 출입국하는 국민들의 휴대품을 검사 및 분석한다.

항공기를 통해 수출입되는 물품의 수출입신고를 수리하고, 필요한 경우 해당물품을 검사․감정한다. 수입물품에 대하여 품목별로 세액을 징수하고, 사후에 세액을 심사한다. 관리대상화물을 선별하여 검사한다. 사전에 항공사로부터 여행객의 정보를 입수하고 검사대상 여행자를 선별한다. 검사지정된 물품을 자신신고 또는 엑스레이 장비 등에 의해 검사하고 반입제한물품, 면세초과물품 등을 선별하여 통관절차를 이행하도록 지도한다. 밀수 및 마약, 폭발물 등을 단속하고, 이를 위해 탐지견을 이용하기도 한다.