수․출입되는 동물 및 축산물, 식물이나 해외로 입출국하는 내․외국인 및 항공기 등을 검역한다.

항공기로 도착한 수입물품을 대상으로 항공기 내에서 현장검사를 시행한다. 필요 시 정밀검사, 임상검사 등을 실시하며, 수입물품의 수입허가를 결정한다. 승객들이 작성한 휴대품신고서를 확인하여 동․식물, 축산물 등의 유무를 확인한 후 품목에 다라 압류하여 검역을 이행하도록 지시하거나 반입금지 품목의 경우 반송 또는 폐기조치한다. 검역대상물품은 정밀검사를 수행한 후 안전성 검사에 합격되면 승객에게 인도한다. 입국하는 승객을 대상으로 반열감시하고, 이상징후가 나타나는 승객을 대상으로 체변검사 등의 검사를 실시한다. 일부 위험국가로 출국하는 승객들을 대상으로 예방접종을 시행한다.