선대개편 및 신규항로개설, 컨테이너 운항 스케줄조정 등 운항계획을 수립하고 조정한다. 용선 선박 운항의 적합성을 검토한다. 운항관련 제반기준을 설정하고 운항관리 절차를 개발한다. 선박의 운항사고 예방대책을 수립하고 사고시 사고 속보를 작성하여 배포하고 사고 조사분석 및 재발 방지대책을 수립한다. 해난 심판 서류를작성하며 운항사고 실적을 분석하고 타선사 사고사례를 분석한다. 해사관련 국제 협약 및 국내법을 연구 검토한다. 선박의 항해, 운용에 관한 신기술을 조사 연구하고 해양오염 방지 및 예방업무를 한다. 항만국 통제 검사의 동향을 조사하고 선박운항 실적을 종합 관리한다. 일일 선박현황 및 기상정보를 수집하여 전달한다. 국내외운항대리점, 운하 통항 대리점, 및 국내외 항만 용역업체와의 계약을 체결한다. 운항변동비를 종합관리하여 운항비용절감계획을 수립한다. 선박통신운영의 전반적인 관리를 한다.