제품에 따라 배합비를 확인한 후 계량용기와 저울을 사용하여 원료(주정, 포도당, 청주박)를 계량한다. 배합탱크에 계량한 원료를 투입하고 일정량의 물을 주입한 후 배합이 용이하도록 교반기를 가동한다. 배합이 완료되면 탱크의 배출밸브를 열고 펌프를 가동하여 발효탱크로 배합액을 이송한다. 실험실에서 제조한 효모를 배합액에 접종하고 교반기를 가동한다. 증기밸브, 냉각수밸브, 송풍기 등을 사용하여 발효탱크의 온도를 일정하게 유지한다. 배합이 완료된 배합액을 숙성탱크로 이송하여 일정시간 동안 숙성한 후 여과망이 부착된 여과기에 주입하여 배합액과 균체를 분리한다. 압착식 여과기의 경우 여과기내의 압력이나 여과누수 상태를 점검한다. 여과된 식초의 견본을 채취하여 산도를 검사하고 펌프를 가동하여 완성조탱크로 이송한다. 산도를 제품규격에 맞추기 위하여 급수밸브를 돌려 일정비율의 물을 주입한다. 초산균 및 기타 유해균을 살균하기 위하여 열교환기를 통과시킨다. 살균온도와 인출온도를 확인하며 스팀을 사용할 때는 스팀압력과 가압변화, 자동컨트롤러(auto controller)의 이상유무를 확인·점검한다. 펌프를 가동하여 저장탱크로 이송한다.