미생물제 의약품의 역가 손실방지, 장기보관, 유통과정의 품질관리, 상온보관을 위하여 동결건조시키는 건조기를 조작한다.

동결건조기의 선반에 건조시킨 약제를 병에 넣어 마개를 얹어 놓은 상태로 올려놓는다. 건조기의 문을 닫고 문의 핸들을 돌려 밀폐시킨다. 동결건조기에 연결되는 냉동기를 작동시키고 동결기 내부온도를 유지시켜 병속의 액을 얼게 한다. 건조기 내부와 연결된 진공펌프를 작동시키고 동결건조기 내부의 병속의 물질온도를 서서히 상승시켜 건조될 때까지 온도를 조정·유지한다. 건조되면 동결기 내부와 연결된 파이프에 질소통을 연결하고 밸브를 열어 질소를 충진한다. 스위치를 작동시켜 선반을 밀착시키고 고무마개를 막는다. 동결건조 완료된 병을 동결건조기로 부터 끄집어내어 알루미늄캡으로 막기도 한다.